Κατά τον Β.ΠΠ ο Αντρέ διετέλεσε υπεύθυνος της Luftwaffe, ως Διοικητής του προσωπικού  αεροπορίας σε Πολωνία, Δανία, Βαλκάνια και Κρήτη (όπου τέλεσε “θαυμαστά έργα”).

Συμμετείχε στις εκστρατείες εναντίον της Πολωνίας, της Δανίας, των Βαλκανίων και της Κρήτης, αντίστοιχα.

Τον Ιούνιο του 1941, διαδέχθηκε τον Κούρτ Στουντέντ ως Διοικητής του «Φρουρίου της Κρήτης». Σύμφωνα με τις εντολές του, χιλιάδες πολίτες της Κρήτης βασανίστηκαν ή εκτελέστηκαν.

Κατά τη διάρκεια του 1942, ο πράκτορας Fielding εξέταζε ένα σχέδιο για να συλλάβει τον Αντρέ.

Αυτό το σχέδιο δεν υλοποιήθηκε ποτέ, καθώς το φθινόπωρο του 1942, ο Αντρέ μετατέθηκε στο υπουργείο Αεροπορικών του Ράιχ, αφήνοντας την Κρήτη στον στρατηγό αλεξιπτωτιστή Bruno Bräuer.

Ωστόσο, η ιδέα της σύλληψης ενός Γερμανού στρατηγού εξελίχθηκε στην απαγωγή του στρατηγού Kreipe.

Ο Αντρέ αποσύρθηκε από τη θητεία του το Μάιο του 1943, για να κληθεί ξανά στο καθήκον, ως στρατηγός πυροβολικού, τον Απρίλιο του 1945, με την 4η στρατιά των Panzer.

Μετά την παράδοση της Γερμανίας τον Μάιο του 1945, ο Αντρέ  συνελήφθη από τους Βρετανούς και στη συνέχεια εκδόθηκε στην Ελλάδα, για να δικαστεί για εγκλήματα πολέμου, για τον οποία ήταν υπεύθυνος ενώ βρισκόταν στην Κρήτη.

Το 1947, καταδικάστηκε σε τέσσερις φορές ισόβια.

Το 1951, η ποινή του μετατράπηκε σε φυλάκιση τεσσάρων ετών.

Τελικώς αφού πέρασε τέσσερα χρόνια στη φυλακή, απελευθερώθηκε τον Ιανουάριο του 1952.

Αργότερα, ο Αντρέ έγινε συνιδρυτής του γερμανικού κόμματος Ράιχ.

Απεβίωσε το 1979, σε ηλικία 90 ετών, στο Βισμπάντεν της Δυτικής Γερμανίας.